《只有我不存在的城市》藤沼悟（满岛真之介配音）拥有着能够回到过去的特异功能，母亲佐知子（高山南配音）被害，曾经信赖的朋友白鸟润（水岛大宙配音）即将作为儿童贯串杀人案的真凶被处以死刑，在这个节骨眼上，悟忽然回到了1988年，回到了当时就读的小学。彼时，在杀人案件中死去的同班同学雏月加代（悠木碧配音）和山田广美（鬼头明里配音）尚未被害，悟决心利用自己的能力保护加代和广美的安定，洗清白鸟润身上的冤屈，并且找到真正的幕后黑手。在悟的努力下，个性阴沉孤僻的加代终于向他敞开了心胸，两人结下了深厚的友谊。很快，案件发生的那一天光临了，茫茫的黑夜过去，当光明光临时，悟是否再度看见加代天真的笑脸呢？