《血色星期一2》扣人心弦的第二部分再次席卷而来。天才黑客藤丸高木（三浦春马饰）这次又会遇到怎样的难题呢？在第一部分结束时，藤丸和他的朋友们力挽狂澜，阻止了病毒紧急情况。但这一次，他们面临着更加恐怖的核弹恐怖计划。病毒紧急事件结束两年后，受其影响的藤丸决定不再碰电脑，但他仍然无法组织自己和他的朋友九条大户（佐藤健饰）和高木遥（川岛凯贺饰）参与其中在新的计划中。携带核弹的飞机正在一点一点地逼近东京，但东京人却浑然不觉。除了他们的老对手折原真矢（黄濑美智子饰）和神崎润（成宫博树饰）之外，还有不少新人。那么最后期限呢？