《新钢铁神兵》故事发生在人类文明和科技极其发达的未来社会。机械帝国以一大批杰出的科学家和高度智能的机器人称霸宇宙，建立起庞大的机械王国。帝国中，风（一、雅配音）、华仁（绪方惠美配音）、北斗（大佐咲太配音）、龙（藤原启二配音）是辅助机械皇的四位魂将。其中，华仁玉无意中发现了皇帝可怕而强大的野心，决心不再帮助他，带着她的高能机器人逃到了神居岛。在神威岛上，莲花遇到了一个名叫高宫铁兵（桧山修配音）的牧童，后来成为了他的主人。光太郎是铁兵的哥哥，皇上垂涎光太郎高贵的智商，想要绑架他。为了营救弟弟，勇敢的铁兵潜入机械王国。