《问题儿童都来自异世界》在一个晴朗明丽的日子里，自称废柴的学生君逆回十六夜（浅沼晋太郎配音）、和缓慈爱爱护小动物的春日部耀（中岛爱配音）以及骄气自大的大小姐久远飞鸟（布里德卡特•塞拉•惠美配音）各自收到一封邀请函，信中说道：“告知懊恼众多、拥有异能的少男少女，如果期望一试自己的才能，那么就抛弃世上的一切，到我等的‘箱庭’来”。原来他们三人均为拥有超能力的问题儿童。犹如接受了邀请，他们被抛入风景秀美的箱庭世界，并遇见说明人黑兔（野水伊织配音）。十六夜他们得悉，必须运用天赐的特异功能在箱庭进行难度不等的神魔游戏。不按常理出牌的主人公以及藏着无数秘密的箱庭，一切变得好玩起来……本片根据竜ノ湖太郎（文）、天之有（插画）的原作改编。