《我的女神第二季》恐怖之王的威胁消除了，神殿恢复了平常的日常生活。在这座寺庙里，住着一位大学生森萤和三位女神。一年前，萤打错了女神办公室的电话，开始和女神贝鲁丹特一起生活。后来，贝鲁丹特的两个妹妹也搬进了神殿。这一天，女神救世所的数据出现问题，萤的契约可能会被废止！而挽回契约的唯一办法，就是让萤一再次说出一年前的愿望，但萤一当时忘记了他说的话。萤一当时许了什么愿？他与贝鲁丹特的幸福生活会继续吗？为了明天的幸福，今天一定要记住当时许下的愿望。改编自藤岛康介的同名漫画的电视动画第二季。