《豚鼠特攻队》隶属于美国政府特工部门的科学家本（扎克·加利凡纳基斯饰）通过高科技技能训练豚鼠说话和思考，并将它们培养成特工。然而，本的部门却面临着被联邦调查局关闭的境地。为了证明自己和豚鼠特工的本事，本命令豚鼠特工团队的负责人达尔文（山姆洛克威尔配音）渗透网络行业。首席执行官罗纳德赛博（BillNighy）的办公室，正在寻找罗纳德向中东国家出售军用高科技芯片的证据。达尔文毫不逊色，有Braster（TracyMorgan配音）、Valles（PenelopeCruzPenélopeCruz配音）、Mochithefly和Specks（NicolasCage配音）等成员迅速行动。这群豚鼠特工体型虽小，却有着独特的能力。他们成功闯入罗纳德的办公室并下载了重要信息。然而，这场冒险才刚刚开始……