《特搜9第二季》该剧讲述了警视厅特别调查科以五年前谋杀警官夫妇、一年前杀害警官的罪名逮捕了暴力组织龙丸社会长田崎的故事。虽然案件仍处于审理阶段，但特别调查班的班主任直树对田崎如此坦白承认所有罪行的态度尤其不解。与此同时，警视厅督察神宫寺（名取裕子饰）也参观了特别调查班，并与神田川警长讨论了此事。神宫寺希望特别调查组的直树等人能够保护被持刀男子袭击的大三学生和监察室小柳的监察官。但是班长宗放总觉得桃子在隐瞒什么……