《圣斗士星矢：邪神厄里斯》一颗流星划过东京的夜空，随之而来的是希腊神话传说中的金苹果。善良的孤儿院女教师二日与孩子们过着平静的生活，却被金苹果召唤，成为争吵女神爱丽丝。为了达到毁灭世界的手段，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果捆绑了她。与纷争女神一同复活的五位不死圣者分别是亚枣毛石、竖琴俄耳甫斯、南十字古拉特、宙斯盾安奈、猎户扎加。享受着平静生活的圣哉、紫龙、舜、冰河，收到了爱丽丝的挑战书，穿上圣斗士，前往女神被困的地方。到达圣域后，星矢众人遇到了不死族五，立刻陷入了一场艰苦的战斗。女神有危险……这部电影是动画的第一个剧场版。