《扰乱》故事的后台发生在明治64年，德川芳树掌权的另一个日本。王国依靠能源“龙舟”形成江户和科学的独特繁荣。但繁荣的背后，反体制结构的“毒蛇”正在酝酿革命之火。德川政府指定了一个隐藏的结构“鵺”来驱逐他们。女主人公雪村小雨小时候就被消灭了，作为“鵺”的刽子手，她不断寻找蛇和野眼报仇……