《菩提树下》故事发生在清朝末年，淮河瘟疫肆虐之际，龙叔和姬白锦兰方秀才前往疫区救治，却发现疫情是人祸。二爷不想像兄妹一样，联手大奶奶杀了大哥，再把责任推到方秀才身上，方老夫人在逃跑的路上误抱了龙儿的私生子。几年后，龙氏后裔被关家收养，取名厚朴（钟汉良饰）。而方家之子吴升（刘恺威饰）则被宠着成为了少爷。两人都爱上了静心（陆毅饰），静心对厚朴更是用心。龙家的连生（杨锐饰）也对厚朴不嫁感兴趣，但她并不知道厚朴是她的弟弟。就在这时，方秀才的妻子回来了，她想要找回死去的灵魂……