《名侦探柯南：黑铁的鱼影》故事发生在东京八丈岛的外海，那里建造了一座海上设施，贯穿着来自世界各地的警察监控摄像头。在该设施正式启动之前，来自世界各地的IT工程师来到现场，以便连接到欧洲刑警组织管辖的区域。与此同时，一项使用人脸识别系统的测试也在进行中……另一边，柯南和少年侦探队在元子的邀请下来到八丈岛观鲸。这时，柯南接到冲谷青（赤井秀一饰）的电话，得知欧洲刑警组织的成员在德国被琴酒杀害。柯南为了查明真相，偷偷潜入黑田平等警视厅人员的警备艇，潜入了设施。随后，在稳步开放准备上线的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被黑色组织绑架，她手中装有一些资料的U盘也落入了黑色组织手中。手。海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时，在八丈岛上的灰原爱身边，也有一道黑影悄然靠近……