《巨鳄战狂蟒》为了研究不同物种的基因重组，一家生物公司派人员非法进入生态保护区，在那里进行一系列生物基因实验。他们在那里抓到了一条巨大的鳄鱼作为培养皿，想用这条鳄鱼在实验室里培育这条奇怪的蛇。然而，由于麻醉剂量不足，鳄鱼在实验过程中醒来。然后实验室被疯狂的鳄鱼摧毁，实验室里的怪蛇逃了出来。离这个保护区最近的小镇，​​几乎被这两只怪物给毁了。幸运的是，镇长热巴找到了消灭这两个怪物的方法，并防止他们杀死整个城镇。