《甲铁城的卡巴内瑞：海门决战》世界在财产革命浪潮的推动下，从近代到近代，不死怪物突然出现。覆盖着一层钢铁的皮肤，只要心脏不被破坏，它就不会被破坏，被它咬伤的人似乎死后复活，开始攻击人类。这些被称为卡巴内的怪物爆炸性地增殖并覆盖了世界。远东岛国，顶着在铁城上幸存下来的卡巴内、生驹等人的威胁，其中一辆蒸汽机车（俗称顺井）越过前线，披着厚重的装甲，和卡巴内的人打架。战场，面朝日本海的废弃哨所，玄鲁、葫芦、海门的人，正准备着击退卡巴内的战略。这时，生驹发现开门地区的卡巴内具有受指挥、集体行动的特点。生驹向联合军报告了这件事，但被忽视了，反而因为他是卡巴内利而被联合军虐待。生驹一怒之下，决定深入敌方领地。另一方面，莫莫对长期以来一直支持他的生驹产生了不同的感情。可就在这时，她得知生驹打算深入……