《假面骑士亚极陀》在所有未知生命体被消灭两年后，人类迎来了短暂的和平，但神秘的欧帕斯突然出现在海滩上，打破了这种平静。人类的离奇死亡再次出现在这座城市。这次杀人的凶手是新的敌人——不明物体。他们拥有人类无法比拟的神秘力量，就连专门为他们设立的G3小队也帮不上忙。\r失忆的开朗少年津上正一暂时住在美杉教授的家中，与美杉教授的侄女风谷正义和儿子美杉耐一住在一起。而在再向依天真正的笑容背后，却是神秘的英雄——假面骑士阿基托。每当不明物体出现要杀死人类时，他就会被诱导去摧毁它们。\r越来越强大的未知物体，关于津上正一过去的记忆，和奥帕斯出生的神秘黑人男孩之间有什么联系？一切的真相是什么？