《境界战机》公历2061年，日本被世界四大经济圈瓜分和统治。日本人作为附属国的人民，每天都过着灾难的生活。此外，日本也因各经济界纷纷部署人形特种机动武器AMAIM而走在世界前列。喜欢呆滞的小男孩椎叶阿摩有一天遇到了自律思维AI“ガイ”。AMAIM以此为契机，登上了自己组装的AMAIM“ケンブ”，投身于夺回日本的战斗。