《舰队收藏》故事发生在一个虚构的未来世界。那时，人类由于疏忽大意而失去了对海洋的控制。海洋变成了一个让人看不到的地方，有一股强大的力量被命名。为了对抗这股势力，一群同名的少女出现了。船的灵魂在他们的体内存活，明天将化作各种战舰，为人类的和平而不懈努力。平日里，女孩们在名为“吹雪”的大本营进行日常生活和训练。有一天，一位名叫吹雪的活泼女孩（上坂堇配音）出现在大家面前。加入舰队的新生活，精彩刺激的日常生活从这里开始。