《海底回家路》水族馆里出生了四条小鱼，其中包括哈罗德的女儿伊莎贝尔。伊莎贝尔有难看的斑点和缺失的鳞片，她的外表受到学校其他人的嘲笑。鱼群首领瑟斯顿要求哈罗德把伊莎贝尔藏起来，否则一旦被发现就会被扔进海里。顽皮的伊莎贝尔被人类发现，她和哈罗德被扔进了浩瀚无边的大海。海中突如其来的巨大风浪，让水族馆里的鱼儿都掉进了海里，一时间，伊莎贝尔和哈罗德分开了。伊莎贝尔偶然发现了四月，并遇到了一群长相奇特的鱼，这些鱼都因外在缺陷而被排除在亲属之外。在四月的带领下，伊莎贝尔和其他鱼准备穿越火山前往珊瑚礁寻找哈罗德。另一边，哈罗德在海参卡尔的陪伴下，没能找到女儿，伤心欲绝，带着鱼离开了。成功穿越火山的伊莎贝尔在珊瑚礁上遇见了哈罗德，而珊瑚礁女王的出现更是让父女俩惊喜不已。女王原来是伊莎贝尔的母亲。家人团聚。