《盖亚奥特曼盖亚再现》超人盖亚将地球从“根源破坏造成的物体”中拯救出来后，高山一梦（超人盖亚饰）回到城南大学校园，过上了平静的日子。他现在拥有的变形器Esplander也失去了超人的光彩。一方面，地球开始被什么东西入侵了……我梦想着和特殊的战斗防御小队XIG会合。终于，灭根海神Gakuzomu和灭根飞鱼Rozan出现了。失去超人之光后，我梦见和藤宫博也会重获超人之光？而地球的命运又会怎样呢？