《福音战士新剧场版：序》突袭世界的大灾害“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本觉得能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与部队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，确定按照父亲的命令。就这样，从未受过作战演练的真嗣，筹备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运委派在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”犹如也开始了行动。掌握十足答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛十足早已写入剧本。