《对不起青春》在静冈县三岛市，有著名的三岛西高中、驹形大学附属三岛高中和女子教会学校圣三岛女子学院三所高中。因当年教堂火灾引发的事件，东高和住在一起的三个女儿彼此仇恨，无法和解。负债累累的三女面临破产，三女与佛教东皋合并的传闻甚嚣尘上。在东高任教的原平介（锦户亮饰）结合自己作为学生的经历，提出了开设男女实验班的想法。虽然两校领导都不太喜欢这个，但还是抱着试试看的态度通过了。这个计划。之后，被称为暗虎的三个女孩的生活指导员平介和北矢里沙（广岛万岛饰）带着学生们来到了彼此的营地。原本讨厌敌对的少男少女，这将上演一系列有趣又感人的故事……