《达·芬奇的恶魔第三季》意大利文艺复兴时期，达芬奇（汤姆·莱利饰），一位英俊的艺术家和工匠，正值少年时期，性格傲慢但头脑聪明。目前，他受佛罗伦萨共和国领事洛伦佐（埃利奥特考恩饰）的委托，为复活节庆祝活动制作装置。因表现出色而晋升为军事工程师。与此同时，莱昂纳多·达·芬奇与洛伦佐的情妇卢克雷齐娅·多纳蒂（劳拉·哈多克饰）有染。一个神秘的土耳其人告诉他，他必须找到一本神秘的书——。而因为这本书，教皇的侄子和得力助手吉罗拉莫·里亚里奥伯爵（布莱克·里特森饰）也从梵蒂冈来到了佛罗伦萨……