《超级小郎中》故事讲述了1920年代民国初期，天灾人祸、军乱不断，百姓苦不堪言，甚至别有用心的人趁机背叛他们的故事。杨毅，一个身上隐藏着龙魂之力的青年，因瘟疫事件，卷入了上海各势力的动荡斗争之中。于是，他结识并爱上了上海市市长莫森的女儿莫小玉。幕后主谋也是杨毅大叔的身份。因为疯狂追求妄想，不惜人为散播瘟疫，利用人工药材炼制禁药牟取暴利，甚至暗杀政客，激化军阀矛盾。引战的最终目的是为了达到造化、牺牲众生以换取个人长生不老的邪恶目的。