《OnCall36小时II》张易健（马国明饰）和范子荣（杨怡饰）的婚姻生活幸福美满，子玉甚至怀孕了。一天，医院发生了一场灾难，一些伤员感染了传染病。当天负责手术的子瑜被迫隔离。幸运的是，病理学家罗文生（吴启华饰）终于被派上用场，解决了传染病事件。子玉虽已脱困，但旧病突然复发，需要电疗，无法保住胎儿。一健和子玉决定堕胎。手术后，子瑜表面上如释重负，一健却知道妻子只是在忍痛。祸不单行，接受一健手术的患者病情突然恶化，患者家属认为是医疗失误追究一健责任。一健怕子瑜担心，隐瞒了此事。与此同时，身体健康的妈妈黄小英（黄淑仪饰）发现自己的类风湿性关节炎越来越严重。在家庭和工作的双重压力下，一健的焦虑指数急剧上升。子玉因为电疗的缘故，辞去了医生的工作，休假休养。期间，她反思工作和生活的目的，也教会杨培聪（罗谦饰）进行微创手术，找回重返工作岗位的动力，践行医生的使命。为了让一健放下工作和家庭的重担，明白自己的局限性，子瑜开始检视自己的身体状况。加上受到文生的启发，子玉终于下定决心，毅然转入病理科，重新开始。相反，一健认为子玉面临流产，担心她再也无法成为外科医生，因此自暴自弃，放弃了自己的想法，因此反对子玉转病理。两人各持己见，经常发生冲突。最终，两人还是决定分开，各自冷静……