《蜘蛛侠：英雄远征》在复仇者联盟英雄们的努力下，在灭霸无限手套事件中化为灰烬的人们回归了这个世界，曾经消失的蜘蛛侠彼得帕克也回归了平凡的生活。几个月后，蜘蛛彼得帕克的学校举办了欧洲巡演，帕克也在其中。在欧洲威尼斯旅行时，一只巨大的水怪向威尼斯报仇，而被敌人打败的蜘蛛侠幸运地被一个自称神秘人的人救了出来。从敌人撤退后，神盾局局长。找到了正在旅行的彼得帕克，让他加入神盾局，并安排了一位神秘客人协助帕克。宇宙结束了。为了保护来之不易的和平，蜘蛛侠决定与神秘客联手。然而，神秘人的兜帽里似乎隐藏着一些不为人知的真相……