《御赐小医仙》中医世家艾振堂主母双亡，留下女儿秦芷爱行医救人，意外救下不死傀儡孟宗主。孟宗主带着秘密来到医疗中心，调查云石夫妇的死因，并利用仙傀儡的身份，阻止小医生成为她的师父。此后，两人携手同行济世，也被卷入了法庭上的一系列纷争。最终，云石夫妇的死因被揭开，秦芷爱也凭借精湛的医术成功救出皇上，成为皇室恩赐。