《消灭都市》有一天，一座城市被歼灭——独行侠传送者拓也，唯一幸存的少女小雪。两人凭着以为没有消息的小雪父亲传来的消息，开始了毁灭这座城市的行动。然而，意想不到的障碍出现在两人面前。这就是小雪太震惊的现实——幸存者的想法，秘密活动的魔法组织，以及隐藏的计划。拓也和小雪这两个素未谋面的人，在拜访中逐渐加深了感情，也逐渐接近了灭城之谜。