《卧底第二季》新一季会设定上一季大结局的近一年之后，Kim如今为一部分权组织工作，而Bob仍是捕快一位。他们追踪一场开始于叙利亚的非法武器交易将他们引到了比利时，Bob随之再次卧底以查明究竟。与此同时，首季的毒枭如今身处监狱，但他仍会试图查明让其落网的卧底警察的真实身份。