《天气之子》高中一年级的夏天，穗高（太吾虎太郎配音）离开了离岛的家乡，独自来到了东京。经济拮据迫使他找工作。最后，他来到了一家专门出版奇异超自然刊物的公司。出版社作为作家。很快，东京开始连续几天下大雨，这似乎暗示着穗高的未来不快乐。在这个繁忙的城市里到处取材的穗高遇到了和弟弟住在一起的不可思议的美少女春菜（森菜奈奈配音）。“等一下，天会亮的。”日菜告诉穗高，很快，头顶的乌云渐渐散去，耀眼的阳光洒在大街上……原来，日菜拥有“改变天气”的奇妙能力……