《杀戮指令》在高度停滞的未来，先锋集团的高级技术员迈尔斯发现，S.A.R.他开发的军用战斗机器人有许多自编程现象。与此同时，精锐陆战队已被派往先锋集团的机器人训练基地进行实弹演示。迈尔斯跟着队伍来到了这座孤岛，发现通讯被阻断了。普克斯率领的小队与小波机器人​​交战后，一名哨兵在夜间被机器人杀死，一场简单的训练变成了一场殊死的战斗。这个小岛是S.A.R.的训练场。机器人，而迈尔斯也发现，是岛上的机器人发出实弹演习的指令……