《圣斗士星矢:天界篇序奏-Overture》与冥界之王哈迪斯的惨烈战斗终于结束，世界重新回归光明。但对于圣斗士来说，伤亡惨重。黄金圣斗士全部被杀，虽然在最后一战中圣哉险些逃过一劫，但他却失去了知觉，就像是个瘸子。然而，这份来之不易的和平，却是无法连接太久。在经历了佐贺之乱、波塞冬、哈迪斯、哈迪斯等突发事件后，另一只邪恶之手也向人类世界伸出了手。这是太阳神阿波罗，雅典娜女神的哥哥。这一次，他率领神斗士前来，打算除掉人类。对于雅典娜和她麾下的圣徒来说，这是前所未有的紧急情况……