《圣斗士星矢:圣域传说》16年前，射手座黄金圣人艾俄洛斯拥抱转世的雅典娜真神，逃离了圣域。途中被双子萨卡和摩羯修拉挡住，受了重伤。宿命在下降，在前线垂死的伊欧洛斯将女神托付给了刚刚来到喜马拉雅山探索喜马拉雅山的日本城东财团会长桐人光政（大杉莲配音）。明知来龙去脉，三政将女神带回日本，取名沙织，以孙女之名抚养。受到命运与女神的鼓舞，星矢（石川海开配音）、子龙（赤羽贤治配音）、冰川（小野贤章配音）、舜（冈本信彦配音）等刻苦训练的青年归来一个接着一个去日本。他们已经成长为能够独处的圣人。与此同时，受教宗下令的刺客陆续从圣域来到日本，一场可以载入史册的正邪之战拉开了序幕……