《幕末高校生》在21世纪的日本，新新人类对学业没有兴趣，对几百年前的旧闻轶事更没有兴趣。控制着高中教授的川部美佳子（石原里美饰）面对这些孩子只能假装乖乖蒙混过关。一天傍晚，美佳子被卷入学生高濑正也（仓本时雄饰）、森野绘里（川口阳菜饰）和沼田慎太郎（千叶雄大饰）的争执中，被一股诡异的光彩卷入时空的混沌之中。Flow，德川幕府末期游历日本。就在这时，当萨昌的军队逼近江户时，以陆军副会长刘田龙三（唐本彰饰）为首的战斗派决心全力保卫德川家，而陆军会长胜海舟（玉木宏饰）)向新政府求助。军参谋西乡孝森（佐藤博一饰）寄来密函，希望能推动开城不血。川部师生的到来，仿佛打乱了历史的发展，江户即将陷入毁灭的海洋……本片改编自植村拓海的短篇小说。