《基地疑云》以严厉着称的美军训练基地恶魔教官南森·韦斯特（塞缪尔·杰克逊饰），由于冷酷无情，一直与学员关系特别紧张。汤姆·哈迪（约翰·特拉沃尔塔饰），曾经的学徒，也对韦斯特感到遗憾，现在是美国药物管理局的官员。两人因一起神秘失踪案而被接洽。巴拿马丛林的离奇失踪留下了六名学员，韦斯特在飓风过后消失得无影无踪。哈代的任务是与军事调查员朱莉娅中尉（康妮尼尔森）一起调查此事。然而，随着调查的展开，仅有的两名幸存者丹巴（布莱恩·范霍尔特饰）和肯德尔（乔瓦尼·瑞比西饰）的供词被揭露。非常不一样。越来越多的谎言和欺骗逐渐浮出水面。谁在撒谎，真相背后又隐藏着什么样的可怕事实？