《黑太阳731续集之杀人工厂》广岛、长崎两颗原子弹结束了日本帝国主义蹂躏世界的罪恶行径，但也无法抹去恶魔在人皮上犯下的不可饶恕的罪行。1950年代初的一天，身为贵族的佐川被邀请到樱花馆。此时会场座无虚席，来宾全是731部队的战友。731部队臭名昭著，幸存者只得勉强度日，但仅佐川一个人无法忘记作为实验在哈尔滨惨死的3600名不死者。这次聚会是由一个不知名的外国势力主办的，主办方只有一个目的，那就是利用老731的人力和经验，再次研制出高杀伤力的细菌武器。丰厚的报酬让一些已经失去人性的人垂涎三尺，但佐川却义愤填膺。面对这群人，他终于开口回忆起关于731部队的一段罪恶而悲伤的往事。快进到1945年，饭田太郎和爱子的故事浮出水面……