《红伤骑士X》舞台是象征理性的“蓝色世界”，却遭到来自大自然安排的“红色世界”的生命体NightflyO'Note的攻击和入侵。17岁的主人公麻黄晶曾在蓝色世界担任研究员，后因能力出众晋升为前线战斗指挥官。”。在那里她遇到了四年前第五作战部队在一场激战中被摧毁后成立的第六作战部队“IS”的学生。主角作为教官带领着六名骑手（Riders），也被称为身为“惊魂骑士Xechs”，一起浴血奋战，共同应对来自异界的报复与威胁，在这样的生活中，他们的友情也逐渐加深。