《黑处有什么》故事爆发在20世纪90年代初，曾经灿烂一时的中原飞机厂正显露笨重劳累的姿态。在家属区大院居住的初中生曲靖（苏晓彤饰），她的父亲曲志诚（郭笑饰）是一个有些迂腐执拗的法医。曲法医虽然经常遭到妻子的奚落和周围人的嘲笑，却不改自己一根筋的办案作风。与之相对，曲法医的同事张树林（周逵饰）作风粗犷，破案率极高，但难免出现屈打成招的情况。曲靖和张树林的女儿张雪（陆琦蔚饰）交好，后者过于出挑张扬的作风让她遭到不少人的白眼。曲靖一次促狭的举动，使得张雪从所有人的面前凭空消失。而就在此之前，当地接连发生多起手段恶劣的强奸杀人案。每个人都形迹可疑，每一处阴冷黑暗所在都湮没着无限杀机……