《钢铁飞龙3山海神兽录》未来,邪恶的天网将带领宇宙大军统治地球,司徒乐将带领人类顽强抵抗,天网大军将稳步后退。为了扭转局势,天网派出了大量怪物回到了过去,发誓要杀死小时候的司徒乐。多次失败后,天网决定亲自回去组织司徒乐一行。天网设下圈套,将司徒乐和铁飞龙送到中国的另一个世界,驱赶自己打造的机械山海怪物,对司徒乐等人发起猛攻。就在他们孤立无援的时候,司徒乐和铁飞龙从残破的书页中发现了一种神秘的力量,借助这种力量,他们召唤出了全新的山海妖机甲。面对险恶的山海世界,司徒乐和钢铁飞龙驾驶着全新的神话兽机,一次次击退天网的怪物,踏上了归途。在乐乐与扶桑的战斗中,现实世界中出现了一个与丁嘉怡极为相似的人物。危急时刻,乐乐被救出,并触发了一定的能量,让五台钢铁飞龙机器人顺利融合。在击败扶桑的同时,也为故事后半部分的发展留下了悬念。