《攻壳机动队新剧场版》2029年3月的某一天，某国大使馆被一群进行了大规模假肢改造的武装人员入侵。许多外国使节及其同僚被劫持为人质，事态突显。草薙元子（坂本真绫配音）召集了巴特（松田健一郎配音）、户草（新垣太郎配音）等强大的部下，制定了周密的营救计划。没想到，当一切按计划进行时，意外突然爆发。与此同时，在离大使馆不远的一座摩天大楼里，日本首相被密码箱炸弹暗杀，元子的前任上司、501军的团长黑日（浅野真由美饰）也遇难。爆炸。经过仔细调查，本子等人发现，一种可以篡改记忆的病毒正在网络上传播，她的身世与一系列事件息息相关。在当前的危机中，阴谋已经悄然浮出水面……本片改编自政宗士郎的同名原著，是其诞生25周年的贺电作品。