《碧蓝档案TheAnimation》ここが、私たちの居場所だから　　数千を超える学校で形成された巨大な学園都市「キヴォトス」。　　ここでは銃を手にした生徒たちの諍いが、日常的な風景になっている。　　その中で、砂に包まれた「アビドス高等学校」は廃校の危機に瀕していた。　　状況を脱すべく奮闘する「対策委員会」の5人の生徒が、　　「先生」と呼ばれる“大人”と出会い、物語は動き始める。