《暗杀教室第2季》经过南国小岛上和鹰冈的决斗，3年E班的各位与杀教授（福山润配音）的关系进一步拉近。固然暗杀震动仍在继续，然而这犹如已经变成了师生之间互动玩乐的重要环节。以茅野枫（洲崎绫配音）为代表的学生们又开始策划越发精粹的暗杀陷阱。除此之外，他们帮助比琪老师（伊藤静配音）追求乌间惟臣（杉田智和配音），又或者磨刀霍霍与A班的精英们展开荣誉与尊严之战。与此同时，白先生带领堀部系成（绪方惠美配音）卷土重来，而神奇的死神则将E班推向各位凶险的境地。随着最后期限一天天迫近，杀老师和学生们的关系变得愈加微妙……　　本片根据松井优征的超人气漫画改编。