《正义联盟:亚特兰蒂斯的宝座》一艘海军潜艇在马里亚纳海沟神秘沉没，正义联盟派出钢骨维克多（ShemarMoore配音）调查，谁知维克多却在事故现场遭到一伙神秘对手的袭击。在此之后，超人（JerryOConnell配音）、黛安娜（RosarioDawson配音）、闪电侠（ChristopherGorham配音）、绿灯侠（NathanFillion配音）、蝙蝠侠（JasonOMara配音）、神奇上尉等正义联盟搭档相继云集总部，经联合调查后发现幕后真凶竟与古老的亚特兰蒂斯有关。这群深海兵士在狼子野心的奥姆王子的率领下向人类宣战，两个种族的全面战争一触即发。紧急时刻，不久前刚刚承受丧父之痛的男子亚瑟（MattLanter配音）成为事变的关键。　　以此为契机，亚瑟以及整个正义联盟的命运都发生了改变……