《正义联盟：两个地球的危机》既然事物的演化源于选择，那么每一个选择都可能改变一个星球的未来。每一个是或否的选择都会在宇宙中产生两颗平行的行星，它们会根据这个选择的不同而发生变化。走向不同的发展道路，宇宙中有无数个平行地球。故事讲述了在地球3无数个平行世界中，蝙蝠侠、超人、神秘女侠、闪电侠、绿灯侠、火星猎人等来自地球1的英雄成为危害世界的超级反派。地球1上的超级反派莱克斯·卢瑟和小丑已经成为地球3上的超级英雄。有一天，地球3上的超级英雄领袖莱克斯·卢瑟闯入地球1，并向地球1上的超人和正义联盟其他成员寻求帮助经过一番讨论，包括蝙蝠侠在内的英雄们决定赶赴地球3帮助莱克斯·卢瑟解决紧急情况。然而，超级英雄们不知道的是，邪恶版蝙蝠侠（夜猫子）正在策划一场足以毁灭所有平行世界的惊天阴谋。只要他能够成功摧毁原来的地球0，所有的平行世界都会消失。真正的蝙蝠侠注意到了这一点并赶忙阻止。