《中二病少女要拯救世界》患有次级病的女孩张雯雯有严重的次级情结，时不时进入次级世界幻想生活中的各种情景。然而，她的行为却遭到周围人的不解和排斥。新学期伊始，学校鼓励学生组织丰富多彩的社团活动。张雯雯和同样有着和自己一样情结的哥们金木、马克思想要创建一个“超自然联络防卫局”，但是这个社团却得不到学校教授的认可。不愿直接拒绝张雯雯的陈教授，为张雯雯设下重重难关，但经过不懈努力，张雯雯还是成立了社团。