《游戏王：次元的黑暗面修复版》本作是为了纪念在1996年起开始的系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生存。然而，别名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方暴露“千年积木”并安排将其重新完成，试图再度复活暗游戏。