《云的彼端，约定的地方》战后，日本分为南北两部分。美军统治着青森县西部，少年藤泽弘树和白川拓哉都喜欢同年级的同学。他们心中都有小百合，还有那个东西——边界以北的津轻海峡，日本北海道同盟建造的高耸“塔”。巨大而神秘的塔是三个少女的向往。他们同意建造一架小型飞机并飞往塔楼一探究竟。中学三年级，小百合转学到东京。这两个少年放弃了建造飞机的计划。广志考上了东京的一所高中，拓也留在了青森的高中读书，他们在各自的道路上越走越远。然而，多年后，小百合却在医院陷入了沉睡！这场突如其来的疾病让三人再次聚到了一起。昏睡病与塔的力量有着神秘的联系，而塔本身似乎也成为了日本南北战争的据点。卷入战争和爱情的三个人，要么拯救小百合，要么拯救世界！命运的答案似乎在云端的另一边，他们曾经约定好的地方。