《亚马尻一家2009》故事发生在不久的将来的日本，政府设立了具有域外管辖权的特殊区域来关押罪大恶极的罪犯。在这片区域，有一所名为“乐园学园”的中学，孤苦伶仃的少女天走菊之介就读于此，她失去了过去的所有记忆。有时，菊之介会在梦中见到父亲右卫门、哥哥五右卫门、直次郎和弟弟地藏，一家人幸福地生活在一起。乐园学园由校长的第一个学生十郎管理。学校里到处都是坏学生，暴力猖獗。转学生小雪成了众人欺负的对象。富有正义感的菊之介竭尽全力保护她。他和坏学生打架的时候，她忽然头疼的厉害。无法无天的山走家一直是政府的敌人。一年前，他们遭遇了惨败。设立特区只是为了安置他们。为了压制菊之介等人的暴力冲动，在他们的大脑中植入了电子设备，他们成为了超声波洗脑研究的活体实验品，而这项研究由团十郎的女儿晴仁香郎负责。菊之介发现了他的身世，想要与家人团聚。山走家和团十郎家的战斗开始了……