《小小克星！～Refrain～》幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。在那之后数年，理树作为LittleBusters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。这样的时间能够一直连接就好了。理树所憧憬的只有这样。某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，理树则开始了寻找成员的任务。在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。经历了许多快乐的事情，同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。最后在棒球竞赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。——然而，这并不是中断。和来谷唯湖之间的故事。理树与铃的故事。以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。LittleBusters真正的物语，自此开始——。