《侠探非凡之深宫魅影》热爱推理和侦查的李飞凡创办了白夜神探所。他虽然是个唯物主义者，却用鬼来掩盖真相，制造了很多案例。一张紫禁城游客拍到的身着旗子的少女黑白照片在网上疯传，疑似灵魂现身。超凡决定查清楚到底发生了什么。这时，杨小云和王珊珊消失了。菲菲的搜查没有成功，因为是小云最后接触的人，警方认定他有嫌疑。随着调查的深入，李飞凡终于破译出，窃贼是在利用人们对故宫的不熟悉和鬼鬼祟祟的传说来掩盖盗窃的事实。毕竟在菲菲和警方的共同努力下，两人获救，罪犯被抓，国宝得到保护。在这个过程中，李飞凡不仅收获了感情，还因为推理能力出众，被刑侦大队大队长盛世杰所看重。爱情和事业都开启了新的篇章。