《西蒙2006》为了夺取主角等人所在的宫国所持有的珍贵引擎，周边国家开始大举入侵。为迎敌国，宫古被迫将仪式用多座游艇“西蒙”号改造为战舰。无性别的“巫女”也被要求作为飞行员被派遣，因此他们成为了被称为​​“科鲁”的战斗小队的成员。操纵“西蒙”的那几个少女之所以被称为“西蒙シュラ（西贝拉）”，是因为她们拥有特殊的能力，成年后可以选择。然而，由于战争的爆发，她们优秀的才华不得不用在“西蒙”的运营上，换句话说，她们被迫停留在“少女阶段”……