《相棒剧场版2》一天晚上，警视厅高层召开例会。突然，一名持枪男子闯入会场，劫持了所有军官作为人质。警方迅速调查了劫匪的身份，发现他竟是辞职已久的前检察官八重健铁（小泽征越饰）。随后不久，特种兵突袭会场，营救行动圆满完成，八重剑在混乱中身亡。因为不明白八重健的真正目的，而他杀人的过程中也出现了诡异的事情，杉下右京（水谷饰）和神户（及川光博饰）立即展开调查，发现这一切似乎都有些相似七年前的一件足以闹事的事。与恐怖袭击有关的国际争端。另一方面，不知为何，警方高层不断向他们施压，试图阻止专案组的调查。层层迷雾背后隐藏着怎样惊人的真相？本片是同名电视剧的第二部剧场版。